套纸后经7~12天的培养，子实体陆续出现，由于幼耳对于湿度变化的适应较差，不能把纸袋去掉，还要继续套高出瓶口5厘米左右的纸袋，让幼耳在静风、多氧、造温和有散射光的条件下生长。当子实体长至瓶口大，直径约4~5厘米时，可去掉牛皮纸袋，让子实体裸露于空气中接触大量的氧气。袋栽的，当幼耳出现后，应把封口胶布全部揭去，并用剪刀把接种穴周围的塑料薄膜剪去宽5毫米左右一圈，以促进子实体发育。幼耳出现之后，要把大、中、小分开进行管理，架板上铺上薄膜，喷上清水，室内温度掌握在20~23℃之间。空气相对湿度，随着原基的形成和子实体的长大逐步提高，保持80%~95%的范围。如湿度不够可向空间及木架喷水，地面泼水和室内挂湿纱布，提高空气湿度。同时要加强通风，供给充足氧气。

代料栽培银耳的病虫害防治，主要抓好培养基的灭菌，栽培房和栽培架的清洁和消毒，发现杂菌感染及时处理或隔离，以防蔓延。出现害虫，采用毒饵诱杀或用1%的敌改畏、乐果等喷洒地面、墙脚和栽培架驱杀。同时 注意通风换气，调节好干湿度，控制杂菌害虫的发生，促进银耳的正常生长。