1、地方财力不足
分税制财政体制改革实施以来，地方财政实力虽然得到了逐年较大幅度的增长，但相对于不断膨胀的刚性财政支出来说，仍然是入不敷出。每年新增长的财力除保工资、保运转、保稳定、保重点支出外，所剩无几。‘尽管中央和省级政府近年来加大了对县乡政府、尤其是经济欠发达地区县乡政府的财政转移支付力度，但这些转移支付绝大多数具有专项用途，并没有明显增加县乡政府可统筹安排使用的财力。
2、管理体制不顺
目前我国农村中小型水利工程管理沿用的基本上还是计划经济体制下的管理体制，水利设施产权不明，水利工程管理体制不顺，管理单位机制不活，水利工程运行管理和维修养护经费不足，供水价格形成机制不合理，国有水利经营性资产管理运营体制还很不完善。同时，由于我国农村水利建设长期以来一直靠政府号召、政策引导、行政力量组织的方式开展，缺乏相应的法律规范，许多重大体制问题一直缺乏清晰的政策界线，如政府、农民、社会力量三者之间的责、权、利关系；已建成工程设施的资产监管和产权归属，公益性设施运行损耗和政策性经营亏损补偿、工程的管护责任如何落实等等。这些问题不仅导致大量水利工程得不到正常的维修养护，效益严重衰减，而且最终影响到农田水利在促进农业增效、农民增收方面应有作用的发挥。
3、监管机制弱化
目前在我国对财政资金使用效益的绩效评价机制虽已启动，但还只是在探索运行阶段，对一些较大财政项目的绩效评价工作尚不能全面深入地开展，就更谈不到对众多中小型农田水利基本建设项目的绩效评价了。由于缺乏绩效评价机制，水利工程审报、批准和承办的单位或人员就少了一份压力，干好干坏一个样，效益好坏一个样，这样便导致了一些“人情项目”、“关系项目”的屡禁不止，也使一些“豆腐渣”工程的责任制造者逃脱了行政责任、以至法律责任的追究。
