曙光4000A已成功运行证券指数计算、电力安全评估、建筑工程抗震性评估、天气预报、石油地震资料处理、核能开发利用、汽车碰撞、电磁辐射、计算流体力学、基因匹配与拼接、蛋白质结构分析和材料科学等领域的20多项应用。上海超级计算中心在曙光4000A上运行了6个重要的商用应用软件，获得了很好的应用性能，能大大提高上海地区的汽车、飞机、船舶等制造行业的设计能力。

曙光4000A可以在20秒钟内是实时完成10000个5000万瓦以上的并网发电机组，和22万伏变电站构成的全国电网的电力安全评估，为避免类似美加大停电的电力故障提供决策支持，保证供电系统的稳定。

曙光4000A可以在10分钟内完成上海证交所10年的1000多支股票交易信息的200种证券指数的计算，能够实时提供金融衍生产品。

曙光4000A可以在1小时内，可以同时完成4次36小时的中国周边、北方大部、北京周边、北京市的2008年奥运会需要的气象预报计算，包括风向、风速、温度、湿度等，精度1公里，即精确到每个奥运会场馆。

曙光4000A可以在2小时内，可以同时完成20次上海黄浦江过江隧道三维结构的地震数值分析的计算，能够精细评估隧道的抗震性能。

作为面向国民经济建设和社会发展的重大需求的超级服务器，曙光4000A适用于各种大规模科学工程计算、商务计算。在大规模科学工程计算方面，可以担纲电力电网安全评估、汽车碰撞、电磁辐射、石油勘探开发、气象预报、核能与水电开发利用、各类航天器及飞机汽车舰船设计模拟、各类大型建筑工程安全性评估、生物信息处理等重任，在大规模商务计算方面，它可以为证券、税务、银行、邮政、社会保险等行业和电子政务、电子商务等提供服务。在大规模信息服务方面，它可以在各类游戏网站、门户网站、信息中心、数据中心、流媒体中心、电信交换中心和大型企业信息中心中发挥作用。对基于海量存储的数据大集中应用，完全兼容32位计算的具有64位地址空间的曙光4000A超级服务器更可大显身手。