亚麻整个生育期内都有病虫害，要坚持“预防为主，综合防治”，在选用抗病品种，实行轮作，加强肥水管理的基础上，针对病虫害发生种类及时进行防治，以保麻苗健壮生长，减少损失。　 

亚麻的主要病虫害有：立枯病、枯萎病、白粉病、锈病、粘虫、蚜虫、小地老虎。若发生立枯病、枯萎病可亩用多菌灵可湿性粉剂100克或80%百菌清可湿性粉剂80克兑水50-60千克进行喷雾防治；白粉病、锈病亩用粉锈宁乳油30-40毫升兑水50-60千克喷雾；粘虫、蚜虫亩用25%功夫乳油16毫升兑水50千克或敌杀死1000-1500倍液进行喷雾防治；小地老虎可选用菊脂类或有机磷杀虫剂，在幼龄期进行喷雾防治，也可选用呋喃丹进行撒毒土防治。　 

亚麻田除草方法有人工除草和化学药剂防除两种。杂草少的田块，可人工拨草；如地势低洼，地下水位高，草害严重的田块可根据杂草种类，选择相应的除草剂。防除禾本科杂草亩用0.9%“威霸”乳油80--100毫升兑水50千克进行喷雾；防除双子叶杂草亩用二甲四氯100-150克总水50-60kg喷雾。花期以后，鼠害严重的田块，可选用溴敌隆、敌鼠纳盐等药剂配制毒饵进行防治。