1.应使用消毒溶液及戴无菌手套以免DNA降解。
2.在Falcon试管中用1×TE溶液漂洗凝胶块20min 3次，以去除EDTA。
3.混合:酶反应缓冲液(高、中或低盐缓冲液)，100
mmol/L亚精胺(只用于高盐缓冲液状态)，10~20单位的内切酶。20单位的内切酶就足以过夜完全消化10μg DNA。
4.设立一个除内切酶成分外含有混合物各组分的阴性对照，以检查是否有非特异性DNA降解。
5.将琼脂糖凝胶块加入反应混合溶液中:通常用消毒过的手术刀或套环将凝胶块移入。
6.若两种内切酶所需缓冲液条件一致，可以同时或先后用两种不同的酶进行消化(先用低盐缓冲液的酶消化，再调整盐浓度)。倘若首次消化的酶要求50℃条件，在第二个酶消化时要换缓冲液。
7.若要进行部分消化，则首先在同一温度和反应时间用1:10稀释的酶进行尝试。
