1.将0.8%的琼脂糖在0.25×TBE中熔化后冷却至50~60℃，立即注入凝胶框架中，并插入梳子。

2.凝胶固化后小心地拔出齿梳，用2把无菌手术刀将DNA凝胶块上样。若用不同内切酶消化凝胶块，则取不同样品时应将手术刀片烧灼后冷却。将DNA大小标志物上样至凝胶的两旁。

3.用1%液态低熔点琼脂糖凝胶(0.25×TBE配制)密封狭槽。

4.若有气泡存在，用注射器驱赶气泡。

5.一旦密封的低熔点琼脂糖已固化(大约10min)，可将凝胶搁入腔室，并用电泳缓冲液覆盖过胶面。

6.应设定合适的电压及转换时间(参考《分子医学技术》84页表8.1)并开始电泳。两个不同电泳方向的电流应相等。

7.电泳结束后，凝胶用0.25×TBE配制成的EB(0.4μg/ml)染色。

8.用泵自槽中排除缓冲液，续以双蒸水冲洗电泳槽。

9.凝胶成像:DNA在曝光的过程中可能会形成缺口。

10. 用0.25mol/L HCl漂洗凝胶30min，让DNA脱嘌呤，并有利于转移。

11. 凝胶用碱(变性溶液中)变性20min，两次，续以中性溶液1~5min。

12. 采用标准Southern印迹方案将DNA转印至尼龙膜上。一般来说，印迹PFGE凝胶的时间较普通凝胶印迹时间长(约48h)。