京都塔的内部共有五层楼板，其中T1至T3层(相当于整栋建筑的11楼至13楼)位于大楼的上方、塔的基底部位。

其中，T1层是售票口与电梯搭乘处，在夏季时户外的楼顶还会开设啤酒花园;T2层为活动会场;T3层设有观景餐厅(SkyRoom)。

至于在塔高100米处，则设有T4与T5两层楼板，皆是作为瞭望室使用，总容量可达500人。

在连结下三层楼板与上两层楼板的塔身中，藏有共285阶的楼梯。

至于作为京都塔基座的京都塔大楼，则是一栋地下三楼与地上九楼的建筑，总占地面积2783平方米。

大楼的地下一楼至四楼被作为百货商场、美食街、银行、书店与齿科医院使用，五至九楼则是京都塔饭店(京都タワーホテル)所属的设施与客房楼层(饭店柜台设于一楼)。

地下二楼为长途夜行巴士的乘车场，而在大楼地下三楼处，则设有京都塔大浴场，除了提供给饭店的住客使用外，也开放供搭乘夜车的民众放松身心。

京都塔饭店与同样位于京都车站周围的京都塔饭店分馆(京都タワーホテルアネックス，原称京都第3塔饭店)及京都第2塔饭店(京都第2タワーホテル)，共同构成京都塔饭店连锁集团，是京阪集团的子企业之一。