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帽花木科是一个独特、高度孤立的科，具特殊的原始性状和特化性状混合的特征。其开放的、胚珠以片状边缘胎座着生的心皮，堪与单心木兰科相比，但这两个科在很多别的特征上是明显不同的。除了一些番荔枝科植物外，帽花木属的双沟花粉在本目中几乎是独一无二的。被认为是代表帽花木属的花粉发现于马斯特里赫斯阶(晚白垩世的晚期)和更晚近的沉积层中。
