建筑形态灵活借用闽南传统的燕尾脊、深挑檐及骑楼等建筑形式，着力体现浓郁的闽南地域特色。车站运用现代的建筑手法对闽南民居进行提炼升华，在传统中透着现代，是一座现代化的铁路旅客车站，同时也满载着历史文化积淀。

建筑设计采用三层式上进下出，高架候车与线下出站的布局方式，旅客流线采取"上进下出"的形式，建筑层数从下到上为出站层、站台层、进站层三层，建筑总高度约45米(从广场地面标高算起)。

出站层设置地下出站厅、售票厅和行包用房。同时在靠近站房处设有出租车及公交车停车场，在站场投影范围以外设有地下停车场，供市民停车。出站层的旅客通过楼扶梯与站台层和地下停车场联系。

站台层是长度150米的带状进站广厅。旅客在广厅门口安检后通过自动扶梯进入候车厅或直接进入基本站台候车厅、母婴候车及军人、团体候车厅。进站广厅内设售票厅、咨询台、商业服务等窗口。贵宾候车设于站房北部，单独出入口，配备专用停车场，便于旅客使用。管理办公用房设于站房南部，也设单独出入口。

进站层主要是候车厅和服务区，站台上方为进站天桥。候车厅分为南、北两个，中间部分开敞，明亮、通透，不候车的旅客可通过这里直接进站。