尽管中国的秸秆资源化技术有很大发展，相关工作也取得了很大成就，但总体水平还很落后，秸秆资源化技术还存在着诸多问题，概述如下：

(1)秸秆还田。首先是农机问题，在秸秆还田中农业机械是必不可少的，粉碎和翻压都用到农业机械，随着秸秆还田量的增加，中国使用的普通脱切机和旋耕机已不能满足秸秆还田的实际需要。其次就还田的秸秆数量来说，也存着一些问题。水稻，小麦秸秆的适宜还田量(风干重)以3000~4500kg/hm2为宜，玉米秸秆以4500~6000kg/hm2为宜；一年一作的地块和肥力高的地块还可适当高些，而在水田和肥力低的地块就要低一些，一般每年每公顷地一次还田3000~4500kg秸秆可使土壤有机质含量不但不会下降，还会逐年提高，但中国大部分农村还田量都还达不到要求。再次，在还田中施人的秸秆量和还田方式应随作物及其种植地区的不同作相应的改变。例如：在还田的时期上，稻田越早越好，如若将水稻秸秆堆熟后再还田比直接还田效果更加显著；在还田方法上，玉米、高粱等旱地作物的还田应是边还田边翻压，以便使高水分的秸秆迅速腐解。自从推行种植业结构调整以来，传统作物要向经济作物转变，而经济作物对还田技术要求极高，采用的粗犷的还田技术不能满足这些要求，以致农作物秸秆大量被弃置在公路旁和河沟，或者焚烧。最后，就是田间管理不够到位。有许多地区将秸秆还田后便不再管理，缺乏及时和合理的措施保证地下的秸秆充分腐解，被作物利用。为了防止微生物在分解秸秆与作物争氮，还应补充配施一定量的速效氮肥，保证土壤全期的肥力；在还田的同时，须注意农田病虫害的防治，有病害作物的秸秆应堆肥腐熟后再施人田中，这样可防止病虫害的蔓延。

(2)秸秆气化。现行的热解气化技术大都采用空气煤气制气法，所得气的热值较低(5000kJ/m3左右)，并且还有焦油问题。在推广气化集中供气技术的进程中，由于中国农村的经济基础还很薄弱，自筹资金困难，许多示范工程正是由于焦油堵塞管道而停止运行。就农民来说，操作和管理的水平较低，安全生产和安全使用意识较差，农民对气化一直持有观望的态度，这也影响系统的正常运行使用效果。还有，在焦油清除、长期稳定运行方面也有待改善。尤其用于农村集中供气系统，气柜和管网的投资比例达到40%以上，使成本提高，难于进行商业化运行，影响进一步发展和推广。

(3)秸秆饲料加工。中国在微生物菌种及相应的发酵工艺上和发酵秸秆饲料对各类家畜的营养效果方面都缺乏比较细致深入的研究，且研究的领域大都集中在反刍家畜。在研究和实践中还缺乏一个科学统一的评价体系，评价的依据仅限于饲料产品的物理和化学特性，忽略了其生物特性。