棉签可以用来清洁用传统的方法无法到达或清洁的区域、裂缝和缝隙。一旦棉签拾起了残留物，就不能让它再掉出去。棉签采样可能是应用最广泛的清洁确认采样技术。这是在清洁确认评估中最重要的环节。棉签和基片表面的物理特征和物理擦拭移动在物理确认程序中都起到了一定的作用。化学程序包括用蘸湿的棉签从基片表面上获取要分析对象的样本，然后从棉签中提取分析物，最后再把棉签放到恢复溶液中。擦拭移动的步骤必须标准化，这样才能保证在分析研究过程中通过擦拭移动再现、进行恢复确认。这个程序应列入标准的操作程序中。

有一种特殊的办法可以蘸湿棉签头并且防止因棉签头上的液体过量而使残留物扩散出去、进入周围的表面。技术上的错误会导致相互矛盾的结果。棉签需要蘸湿而不是彻底浸透。经过预清洁处理的小瓶子和棉签，溶液的TOC本底不超过10ppb，棉签的TOC本底不超过50ppb。

使用棉签进行确认和清洁。技术人员用棉签擦拭只有一平方英寸的面积进行表面确认。人们经常把这些棉签的手柄折断，这样就可以把棉签放入盛有溶液的容器中，从棉签中提取微粒。

《WG-CC025:洁净室棉签的评价》是IEST出版的一个推荐做法，内容是供洁净室和污染控制环境使用的棉签的洁净程度和功能的测试办法。