1. 对于非金属和界于金属和非金属之间的元素很难做到准确检测。
2. 不是原始方法，不能作为仲裁分析方法，检测结果不能做为国家认证依据。
3. 受各企业产品相对垄断的因素，购买和维护成本都比较高，性价比较低。
4. 需要大量代表性样品进行化学分析建模，对于小批量样品检测显然不切实际。
5. 模型需要不断更新，在仪器发生变化或者标准样品发生变化时，模型也要变化。
6. 建模成本很高，三元素分析仪测试成本也就比较大了，当然对于大量样品检测时，测试成本会下降。
7. 易受光学系统参数等外部或内部因素影响，经常出现曲线非线性问题，对检测结果的准确度影响较大。
