磁黄铁矿在各类型的内生矿床中均可见到!基性岩体内的铜钼硫化物岩浆成因矿床:是磁矿铁矿的主要成因，常与黄铜矿(chalcopyrite)、镍黄铁矿(pentlandite，是一种重要的镍矿矿石)共生

有时可见大量的磁黄铁矿聚集，共生的矿物有黄铁矿、磁铁矿(magnetite)、黄铜矿、砷黄铁矿(毒砂，arsenopyrite)等等

磁黄铁矿极易转变为褐铁矿(limonite)!

加拿大、安大略的Sudbury--属于上述第一种类型的矿床，美国、田纳西州的Ducktown，墨西哥的Chihuahua，以及巴西、苏俄、德国、瑞典、芬兰、挪威等地。在台湾，则可以在金面山铅锌矿脉、木瓜溪下游的铜门-铜文兰铜矿等地发现磁黄铁矿的踪迹;但在金面山地区，磁黄铁矿有的仅数个微米(μm)大小;至于在铜门地区，夹杂在石英云母片岩、绿色片岩及硅质片岩中的磁黄铁矿与黄铁矿则是提炼硫磺的来源。