对于任何一个排水地区（或系统），均应建立健全的管理组织机构，制订排水管理的规章制度。管理机构应妥善处理在排水地区出现的上下游、左右岸之间的矛盾，合理协调各地区的利益。
根据各地的雨情、水情、作物种类和淹没受灾程度等，正确控制运用排水系统。各级排水沟道和建筑物都有一定的过水能力，如果发生超标准的非常情况，则应采取相应措施，既保证工程安全，又尽量减轻灾害损失。为了保证排水通畅，亚禁在排水沟道上修筑阻水建筑物,或在排水河道上占用滩地,影响行洪。对已经修建的一切固定或临时阻水建筑物或占用的滩地都必须拆除、清理。
