1940年中国蕨类植物学家秦仁昌将经典的十分混杂的水龙骨科 (实际上是薄囊蕨纲的绝大部分)划分为33科，促进了对蕨类植物系统的广泛探讨。世界上现有蕨类分类系统不下10个，大体上有两类:其一是以美国E.B.科普兰(1947)为代表的系统，其次是秦仁昌 (1940，1954，1957，1978)为代表的系统。各国学者根据各自所掌握的材料和观点而有所增减或变化，总的说来，在绝大多数属的划分上，国际蕨类植物学界分歧性不大,而在科,特别是科以上等级排列还莫衷一是。1940年秦仁昌在将水龙骨科分为33科的同时，提出了5条进化干，即双扇蕨类、桫椤类、蚌壳蕨类和两个绝灭祖先类，表示出各干上科的关系。其后许多学者提出系统树的设想，但由于这些系统树各自根据单方面材料，如印度学者B.K.奈亚尔等主要根据形态解剖方面材料,美国W.H.小瓦格纳等主要根据孢子囊方面材料,意大利的 R.E.G.皮基·塞尔莫利则偏重于染色体的材料等而过于简单化，有的虽有综合考虑，但例证不多，特别是在化石证据不足，生物系统学研究也还没有普遍开展的情况下要提出一个比较自然的系统树，还有待于全世界的共同努力。

(按秦仁昌系统排列各科)

蕨类植物门 Pteridophyta

松叶蕨亚门 Psilophytina

也叫裸蕨类，是原始的陆生植物类群。孢子体仅有假根，气生茎二叉分枝，叶为小型叶，无叶脉或仅有单一叶脉，孢子囊2~3枚聚生于枝端或叶腋，孢子同型。配子体雌雄同株，生地下，无叶绿体。大多已绝迹，现存仅松叶蕨目Psilotales，包括2科:松叶蕨科Psilotaceae和梅溪蕨科Tmesipteridaceae，共3属3种。其中梅溪蕨科仅1种，仅见于大洋洲;松叶蕨科有2种，我国仅松叶蕨Psilotum nudum，产于西南、华南及华东地区。

松叶蕨目 Psilotales

01.松叶蕨科 Psilotaceae

石松亚门 Lycophytina

茎干大多为二叉分歧，叶极小，有叶舌或无，螺旋状排列或4列交互对生，但都只有单一不分枝的维管束。孢子囊生于孢子叶腋，有同型(石松)和异型(卷柏)之分。现存仅石松目Lycopodiales和卷柏目Selagineales，前者包括3科:石杉科Huperziaceae、石松科Lycopodiaceae、石葱科Phylloglossaceae，后者仅卷柏科Selaginellaceae，共约1000种。常见如卷柏Selaginella tamariscina、蛇足石杉Huperzia serrata、石松Lycopodiastrum japonicum、灯笼草Palhinhaea cernua、翠云草Selaginella uncinata等。多产于热带，有些广泛分布于温带，通常生于林下或附生树干，部分生于干旱的石壁。其中石松孢子在工业上称石松粉，为铸造工业的优良脱膜剂，或入药。

石松目 Lycopodiales

02.石杉科 Huperziaceae

03.石松科 Lycopodiaceae

卷柏目 Selaginellales

04.卷柏科 Selaginellaceae

水韭亚门 Isoephytina

水生草本，有根、茎叶的分化;具根托(属于茎)，先端生不定根;茎块茎状，原生中柱，有次生生长结构;叶条形丛生，具叶舌;孢子叶有大小之分，孢子异型;配子体极度简化，有雌雄配子体之分。仅1目1科1属约60余种，即水韭目Isoetales水韭科Isoetaceae水韭属Isoetes。我国仅3种:中华水韭Isoetes sinensis仅产于我国长江下游地区，可能已灭绝;宽叶水韭Isoetes japonica产于云南、日本及朝鲜;台湾水韭Isoetes taiwanensis特产于台湾。生于沼泽、沟塘淤泥中，由于人为的环境破坏，已列为国家级保护植物。

水韭目 Isoetales

05.水韭科 Isoetaceae

楔叶亚门 Sphenophytina

植物体有根、茎叶的分化;有不定根;茎有节和节间之分，有时生块状茎，管状中柱到具节中柱，木质部内始式;叶小型，不发达，轮生成鞘状;孢子叶又称孢囊柄，孢子同型或异型;配子体具背腹性。出现于泥盆纪，繁盛于石炭纪。现存仅1目1科1属，即木贼目Equisetales木贼科Equisetaceae木贼属Equisetu，共29种。常见如问荆Equisetum arvense和木贼Equisetum hiemale，前者有营养茎和生殖茎(孢子茎)之分，后者则无，另如节节草Equisetum ramosissimum、笔管草Hippochaete debile。多生于田边、溪沟边、路边和林缘等阴湿地方。

木贼目 Equisetales

06.木贼科 Equisetaceae

真蕨亚门 Filicophytina

为现今最繁茂的蕨类植物，约有1万种以上，广布全世界;我国近2000种，广布全国。孢子体发达。茎除了树蕨外，均为根状茎，有各式中柱。木质部主要成分为管胞，少数具导管。叶为大型叶，幼叶拳卷状，长大后平展，分化为叶柄和叶片二部分。叶片为单叶或一至多回羽状分裂或复叶。孢子囊常聚集成孢子囊群生于叶边缘或背面，也有的生于特化了的孢子叶上，有或无囊群盖，孢子同型，一些水生真蕨的孢子囊则生于特化的孢子果内，孢子异型。 配子体为心脏形的叶状体，长宽一般不超过1厘米，绿色，有假根。精子器和颈卵器均生于腹面。根据孢子囊的发育方式、结构及着生位置等，可分为原始薄囊蕨纲Protolyptosporangiopsida、厚囊蕨纲Eusporangiopsida和薄囊蕨纲Leptosporangiopsida。如蕨Pteridium aquilinum、海金沙Lygodium japonicum等。

厚囊蕨纲 Eusporangiopsida

瓶尔小草目 Ophioglossales

07.七指蕨科 Helminthostachyaceae

08.阴地蕨科 Botrychiaceae

09.瓶尔小草科(箭蕨科) Ophioglossaceae

莲座蕨目 Marattiales

10.合囊蕨科 Marattiaceae

11.莲座蕨科 Angiopteridaceae

12.天星蕨科 Christenseniaceae

原始薄囊蕨纲 Protoleptosporangiopsida

紫萁目 Osmundales

13.紫萁科 Osmundaceae

薄囊蕨纲 Leptosporangiopsida

水龙骨目(真蕨目) Polypodiales(Filicales)

14.瘤足蕨科 Plagiogyriaceae

15.里白科 Gleicheniaceae

16.莎草蕨科 Schizaeaceae

17.海金沙科 Lygodiaceae

18.膜蕨科 Hymenophyllaceae

19.蚌壳蕨科 Dicksoniaceae

20.桫椤科 Cyatheaceae

21.稀子蕨科 Monachosoraceae

22.碗蕨科 Dennstaedtiaceae

23.鳞始蕨科 Lindsaeaceae

24.竹叶蕨科 Taenitidaceae

25.姬蕨科 Hypolepidaceae

26.蕨科 Pteridiaceae

27.凤尾蕨科 Pteridaceae

28.卤蕨科 Acrostichaceae

29.光叶藤蕨科 Stenochlaenaceae

30.中国蕨科 Sinopteridaceae

31.铁线蕨科 Adiantaceae

32.裸子蕨科 Hemionitidaceae

33.水蕨科 Parkeriaceae(Ceratopteridaceae)

34.车前蕨科 Antrophyaceae

35.书带蕨科 Vittariaceae

36.蹄盖蕨科 Athyriaceae

37.肿足蕨科 Hypodematiaceae

38.金星蕨科 Thelypteridaceae

39.铁角蕨科 Aspleniaceae

40.睫毛蕨科 Pleurosoriopsidaceae

41.球子蕨科 Onocleaceae

42.岩蕨科 Woodsiaceae

43.乌毛蕨科 Blechnaceae

44.球盖蕨科 Peranemaceae

45.鳞毛蕨科 Dryopteridaceae

46.叉蕨科 Aspidiaceae

47.实蕨科 Bolbitidaceae

48.藤蕨科 Lomariopsidaceae

49.舌蕨科 Elaphoglossaceae

50.肾蕨科 Nephrolepidaceae

51.条蕨科 Oleandraceae

52.骨碎补科 Davalliaceae

53.雨蕨科 Gymnogrammitidaceae

54.双扇蕨科 Dipteridaceae

55.燕尾蕨科 Cheiropleuriaceae

56.水龙骨科 Polypodiaceae

57.槲蕨科 Drynariaceae

58.鹿角蕨科 Platyceriaceae

59.禾叶蕨科 Grammitidaceae

60.剑蕨科 Loxogrammaceae

苹目 Marsileales

61.苹科 Marsileaceae

槐叶苹目 Salviniales

62.槐叶苹科 Salviniaceae

63.满江红科 Azollaceae