​矮柱兰假鳞茎聚生，扁球形（上下压扁），高3-10毫米，粗7-18毫米，顶端通常具1枚大叶和1 （-2） 枚小叶。大叶狭长圆状倒披针形至近狭长圆形，长 （2.7-） 4-8 （-12） 厘米，宽6-13毫米，先端钝、急尖或不等的2裂，稍肉质，基部收狭成短柄并内卷；小叶近长圆形，长0.7-1.5厘米，较少不存在。

花葶生于假鳞茎基部，高10-20 （-30） 厘米，纤细，有2-3枚抱茎的鞘；总状花序初期较短，长1-2厘米，随着花的开放，逐渐延长，可达5-10厘米并多少外弯或下弯，生有许多密集的小花；花序轴常较肥厚；花苞片卵状三角形或卵状披针形，长约2毫米，宿存，常稍呈紫色；花梗和子房长约3毫米；花黄绿色，平展，不甚张开；中萼片卵状披针形或长圆状披针形，长2-2.5毫米，下部宽约1毫米；侧萼片与中萼片相似，但背面具龙骨状突起或有时呈狭翅状。

花瓣近长圆形或狭长圆形，长约2毫米，宽约0.7毫米；唇瓣卵状三角形，长约1.8毫米，基部宽约1.2毫米，先端渐尖，边缘内卷；蕊柱短，无蕊柱足；花药狭卵形，直立，长约0.7毫米；蕊喙较长，直立，长达1.2毫米。花期4-10月。