戊二醛消毒层：将900~1100毫升的2%碱性戊二醛溶液加入容器中。设定时间在150~240分钟之间（视消毒物品数量定时），开机后戊二醛溶液经加热雾化成气体后上升至消毒室。恒温气化重复循环加强对被消毒器材的贯穿，并使柜内戊二醛戊二醛维持在一定的密度和浓度。当到达预定时间，系统定时器自动关闭，停止加热。但此时不要开门，因为柜内的戊二醛的摩尔浓度仍处于峰值。最好再闷一个小时，然后开门排除残留的戊二醛气体，或者直接将消毒柜当器械储存柜使用。
紫外线消毒层：接通电源，持续通电大约20分钟后关闭电源。此时，柜内处于洁净无菌状态，可以长时间储存物品。
