基于两个叶绿体基因(matK和rbcL)和一个核糖体基因(18S rDNA)的序列分析, 对代表了基部被子植物和单子叶植物主要谱系分支的86科126属151种被子植物(单子叶植物58科86属101种)进行了系统演化关系分析。研究结果表明由胡椒目Piperales、樟目Laurales、木兰目Magnoliales和林仙目Canellales构成的真木兰类复合群是单子叶植物的姐妹群。单子叶植物的单系性在3个序列联合分析中得到98%的强烈自展支持。联合分析鉴定出9个单子叶植物主要谱系(广义泽泻目Alismatales、薯蓣目Dioscoreales、露兜树目Pandanales、天门冬目Asparagales、百合目Liliales、棕榈目Arecales、禾本目Poales、姜目Zingiberales、鸭跖草目Commelinales)和6个其他被子植物主要谱系(睡莲目Nymphaeales、真双子叶植物、木兰目、樟目、胡椒目、林仙目)。在单子叶植物内, 菖蒲目Acorales(菖蒲属Acorus)是单子叶植物最早分化的一个谱系, 广义泽泻目(包括天南星科Araceae和岩菖蒲科Tofieldiaceae)紧随其后分化出来, 二者依次和其余单子叶植物类群构成姐妹群关系。无叶莲科Petrosaviaceae紧随广义的泽泻目之后分化出来, 无叶莲科和剩余的单子叶植物类群形成姐妹群关系, 并得到了较高的支持率。继无叶莲科之后分化的类群形成两个大的分支: 一支是由露兜树目和薯蓣目构成, 二者形成姐妹群关系; 另一支是由天门冬目、百合目和鸭跖草类复合群组成, 三者之间的关系在单个序列分析和联合分析中不稳定, 需要进一步扩大取样范围来确定。