IDS系统内部各组件之间需要通信，不同厂商的IDS系统之间也需要通信。因此，有必要定义统一的协议。IETF目前有一个专门的小组Intrusion Detection Working Group (IDWG)负责定义这种通信格式，称作Intrusion Detection Exchange Format(IDEF)，但还没有统一的标准。设计通信协议时应考虑以下问题:系统与控制系统之间传输的信息是非常重要的信息，因此必须要保持数据的真实性和完整性。必须有一定的机制进行通信双方的身份验证和保密传输(同时防止主动和被动攻击); 通信的双方均有可能因异常情况而导致通信中断，IDS系统必须有额外措施保证系统正常工作。
