危害扶芳藤的病虫害主要有:炭疽病，茎枯病，蚜虫，夜蛾等。 炭疽病主要危害叶片及嫩梢，在叶片上初期为近圆形小褐斑，后期逐渐扩大成较大的斑。叶缘上病斑呈不规则形，灰褐色至灰白色，边缘红褐色或暗紫色，病斑上有小黑点，被害叶片极易脱落。嫩梢上病斑为椭圆形溃疡斑，边缘稍隆起。炭疽病一般4~5月开始发病，7~8月为发病盛期，高温多雨季节发生严重;平时应加强通风，适当增加光照。在发病初期喷施70%炭疽福美，75%百菌清500~600倍液，每隔7~8天喷1次，连续喷2~3次， 可交替或混合用药。

茎枯病主要发生在一年生的木质化枝条上，发病茎长约5~15mm，病健部分交界明显，发病部整个茎干干枯发灰、缢缩，后期上面生有小黑点，发病部位以上的叶片凋萎，最后整个枝条枯死。发病初期见有此病症状应及时进行药物处理，必要时应把发病部位及以上枝位都剪去，以防扩大发病面积。防治可用70%甲基托布津，50%退菌特800倍液进行整株喷施。

蚜虫主要危害嫩梢，春季及秋季发生，在天气干旱少雨、空气干燥的情况下更易发生。蚜虫刺吸嫩梢的汁液，影响其生长速度及观赏效果。防治可用10%吡虫啉或啶虫咪2000倍液喷洒，能起到很好的防治效果。

夜蛾主要取食叶片，幼虫1~3龄在叶面吐丝拉网，从边缘取食叶片，使叶片形成缺刻;4龄后进入暴食期，出现背光性，白天栖居阴暗处，傍晚出来取食;幼虫老熟后即入土化蛹。每年7~10月为盛发期，药物防治应选在傍晚或清晨进行，幼虫期及时喷洒BT乳制500~800倍液，2.5%溴氰菊酯乳油3000~5000倍液，20%灭幼脲Ⅲ号胶悬剂500~1000倍液。