早期的分类系统(克朗奎斯特分类法)将茜草科分类在茜草目(Rubiaceae)内。而近期的分类系统(APG II 分类法:Update of the Angiosperm Phylogeny Group)则是将茜草科分类在龙胆目内，且将离瓣茜草科、Henriqueziaceae、乌檀科、纤花草科并入到茜草科内，新的茜草科分为茜草亚科(Rubioideae)，金鸡纳亚科(Cinchonoideae)和仙丹花亚科(Ixoroideae)，有600多属，10000种以上，广布全球热带、亚热带，少数产温带。中国大约有80属500余种，主产西南至东南部。

茜草科的亲缘关系各学者意见不一，有人将茜草科置于败酱科之前，忍冬科之后;也有人置其于忍冬科之前，车前科之后;还有人则置于忍冬科之前，萝藦科之后。与茜草科最接近的科是忍冬科，因为两者都具管状合瓣花冠，有限雄蕊，下位子房和对生叶等特征。但茜草科具托叶，叶常全缘。茜草科的香茜属(Carleman-nia)和蜘蛛花属(Silvianthus)从雄蕊数目减少至 2和托叶不发育的特征，又极似木犀科(Oleaceae)，但是子房下位又迥然有别。因此H.K.艾里肖将这两属从茜草科分出另成一独立的香茜科(Carlemanniaceae)。

根据子房胚珠的多少而分本科为2亚科:

① 金鸡纳亚科(Cinchonoideae)，胚珠多数，胚茎向上，具胚乳。乔木或灌木，草本较少。中国有38属。

② 咖啡亚科(Coffe-oideae)，子房仅具1胚珠;胚茎向上或向下，具胚乳或无胚乳。乔木，亚灌木或草本。中国有33属，其中丁茜属(Trailliaedoxa)是中国的特有属。

近代有些学者根据本科的内含物针晶体(rhaphi-des)的有无和胚乳的存在与否将其分为 3个亚科:

① 茜草亚科(Rubioideae)，针晶体存在，种子具胚乳，草本，乔木和灌木。

② 金鸡纳亚科(Cinchonoideae)，无针晶体，种子具胚乳，乔木、灌木，罕有草本。

③ 海岸桐亚科(Gue-ttardoideae)，无针晶体，种子无胚乳，乔木，灌木。