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电子倍增管被广泛的运用在各种质谱仪里,用来侦测被离子化并通过分析器后的离子。通常质谱仪里都有电子倍增管和法拉第杯。在讯号很强时,使用法拉第杯;而讯号微弱时,使用电子倍增管。此外,电子倍增管也应用在电子显微镜,表面分析,x射线光电子能谱等多种需要侦测微量离子或电子的分析仪器里。