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有人把该科分为鬼臼亚科(Podophylloideae)和小檗亚科(Berberideae)。前者以花无蜜腺及营养叶不作羽状分裂为特点,而后者则以花具蜜腺及营养叶为羽状复叶或单叶为特点。而J·哈钦森则分为鬼臼科、小檗科和南天竹科。