1、河道内存在大量永久构筑物，影响工程的防洪、泄洪能力
一些河流周围有桥梁和天然气管道以及电缆等，这些构筑物的存在影响了河流的正常走向，严重时，还会阻碍水流的流动。导致河流的作用被弱化，发电和泄洪能力下降，给河道治理工程埋下了安全隐患。加大了河道治理工程的难度。
2、资料管理混乱，致使施工过程监管困难
由于河道治理工程规模较大。涉及范围广泛，因此，很容易出现资料管理纰漏，同时，河道治理的申报、审查等程序较多。管理起来比较困难，导致监督工作开展困难。
3、地方行政干预情况严重，削弱了监督检查职能
一些河道治理工程受到当地政府地方保护主义的干涉。导致监督工作流于形式。无法发挥其应有的功能。
4、河道内非防洪工程管理不当，部分环节不规范
由于对河道内非防洪工程管理的不当。同样可以影响河道治理工程的施工质量。随着《中华人民共和国行政许可法》的颁布实施。要求河道主管部门对河道内非防洪工程建设项目的立项、审查、修改、审批、验收和运营等环节都要依照法定程序进行，为河道内工程建设项目的依法管理提供了保障。各级河道主管部门也积极采取措施，明确职能，强化管理，加强河道巡查监管力度。使河道工程建设项目的管理水平有较大程度的提高。同时也提高了河道治理工程的施工质量管理水平。但是在某些环节上还是存在不规范的现象。
5、群众的意识不强，宣传力度不够
一些群众错误的思想阻碍了河道治理工程的顺利开展，他们过分的夸大了河道治理的效果。认为河道治理后，河流不会发生洪水。在河流周围进行耕种。一些群众还利用旱季在河道内采砂，导致河流流通受到影响。这些现象影响了河道治理工程作用的发挥。同时，威胁到群众的人身和财产安全。
6、河道管理力量不平衡，个别地方人员不足、资金困难
由于破坏严重。对河流的管理和维护不到位。导致越来越多的河道治理工程出现。给水利管理部门带来了很大的挑战。面对繁重的任务。一些经济发展缓慢的地方河道治理工作人员明显力不从心。一些政府对河道治理的重视程度不够，资金投入不足。导致河道治理工程开展困难。
