由于PON拓扑在许多方面与传统网络不同，当使用OTDR测试链路特性时就出现新的挑战。根据网络部署的不同阶段(也就是建设阶段和维护阶段)，选择正确的OTDR非常重要。能够对PON网络测试的OTDR的特征包括能够利用相对短的脉冲、灵敏的光学检测电路和优化的软件分析提供足够大的动态范围。
该方法允许执行端到端链路鉴定，甚至可以通过分路器进行。为了测试每段引入光纤或配线光纤，技术人员必须在配线终端或ONT位置连接OTDR，并在上行方向测试光纤。
即使有足够高的动态范围，标准OTDR也无法通过分路器进行测试。由于分路器引起较高损耗，检测器的恢复速度不足以读取光纤的背向散射水平。所以，它无法测量这段光纤区域的衰减和事件损耗。一些OTDR甚至不会在分路器后显示光纤区域。相反，OTDR会显示噪音，这可能会令技术人员认为是光纤或分路器有缺陷，或熔接不良。
EXFO FTB-7000D OTDR一代的产品，其设计允许使用相对短的脉冲(275ns到1μs)通过分路器进行测试，脉冲长短取决于光纤分布集线器(FDH)处的分光比。PON优化的光学检测电路可以容忍分路器的高的损耗，并且仍能够恢复和测量后面的光纤区域(光纤配线)的背向散射水平。
新一代OTDR可用作FTB-200和FTB-400主机的插件模块，这些主机可兼容其它很多光学、传输和数据通信测试模块。
很多故障排除测试方案都不需要穿通分路器。例如，在故障排除期间，用户可能想只测试FDH和客户之间的分布光纤或配线光纤。这可使用手持式OTDR(如AXS-100)。这种OTDR并不是为了对分路器进行测试而设计，但却提供了足够的动态范围，可以完整鉴定PON网络的任意区域，包括CO和FDH位置之间的馈线。
在很多故障排除情况下，PON网络会保持活动状态，并继续为客户提供服务，承载1490和1550nm的下行传输。如果使用OTDR精确查找问题，用户必须在测试前确保光纤是暗光纤。为此，必须连接FDH，以便可以断开被测光纤。如果网络只包含熔接或如果问题出在分路器级别，则不可能使用工作于1310、1490或1550nm的"带内"OTDR，因为可能会损坏OTDR或传输设备。
针对上述情况，EXFO开发了工作于1625或1650nm的"带外"OTDR。这些高级OTDR不会干扰传输。使用集成滤波器，OTDR可以隔离发射机信号并对被测光纤进行检测。
