EPON和APON最主要的区别表现在帧结构上(EPON和APON的帧结构格式、帧周期长度及打包方式全都不一样)，而它们的主要技术差别是：EPON的数据传输是以可变长度的分组进行，最长1,518字节；而APON数据主要是以53字节固定长度的ATM信元方式传输。
APON支持者声称，他们的系统具有固定长度的帧结构，因而能更快、更有效地同步；而基于IP的EPON方案，则从不知道数据包有多长，必须硬性切断，并按较小的长度重新分组。这是因为，按互联网规定的IP包最大长度为65,535字节，而EPON协议规定的分组包最长为1,518字节。
与此对应，EPON支持者争辩说，用APON运载IP业务很难且效率低。APON的分组包必需按每48字节一小段切割，而且每段得加上5字节的字头，所以这种处理方式既费时、复杂、浪费带宽，又增加了额外的成本。
