中国工程院院士、著名隧道建设专家钱七虎说，"就隧道施工遇到的困难和风险来说，南京长江隧道堪称'水下第一难'。"钱七虎说。南京段江底是长江冲刷段，不同于长江口江底泥沙淤积而成，因而江水更深，水压更大。南京隧道压力6.5公斤/平方厘米，相当于指甲盖承受冲击电钻的压力(沪崇苏隧道5公斤多/平方厘米)。
南京江底复杂的地质结构，更加大了施工难度。南京隧道要穿越淤泥、粉细沙、砾砂、卵石和风化岩五种地质。南京市发改委副主任程晓蔚打了个比方，南京隧道盾构机既要"喝稀饭"(粉沙和淤泥地质)，又要"嗑蚕豆"，击碎坚硬的卵石和岩石，这可"难为"了要求地质稳定的盾构机刀头。
