控制系统采用高集成度的运动控制控制器PEC-3240为核心控制单元。PEC-3240采用Intel Celeron M处理器，支持Windows XP Embedded 操作系统，内建4轴运动控制和32通道光电隔离的数字量I/O，集成运算、控制、双网口及串口通信等功能。

控制系统核心采用PEC-3240，显示与人机操作部分采用工业级触摸显示器FPM5151G。所用通用型输入输出点:DI点共7个，DO点17个，其它为与伺服相关的输入输出点。4台台达伺服驱动器及电机，与PEC-3240上集成的运动控制卡连接控制。其中X,Y轴为400W电机，Z轴为200W电机，U轴为100W电机。由于采用伺服控制技术，使这新一代全自动喷胶机运动控制系统控制更加平稳、流畅、精准，控制精度可达0.02mm。一台感应马达，控制输送带，可8档调速。一只带字符液晶显示的示教盒，与PEC-3240的串口连接，通过RS232通讯，便于对不同PCB进行示教控制。一只二维码识别扫描枪，通过USB与PEC3240通讯，用于自动识别PCB上的二维码，便于自动调取PCB示教文件而实现喷胶轨迹的自动切换，实现全程自动化生产与管理。所有定位点全部采用高精度接近传感器或高精度光电传感器，保证了控制系统长期工作的稳定、精准。