物料从反应炉出来输送至有机肥生产车间送入二次发酵设备，通过二次发酵设备供氧系统和搅拌系统进行快速降解难分解的大分子物质。二次堆肥完成后有机物完全降解工作，转变为稳定的腐殖质。同时可以在发酵后期直接加入生物功能菌，变成生物有机肥。根据农冠一天生产流程建议，可按以下时间段进行生产。

程序一：一个小时内分别将物料进入二次发酵设备。

程序二：通过鼓风系统，以及搅拌系统进行第二次发酵，同时加快物料水分风干，风干后物料水分可降至30%左右。

程序三：一个小时内出料，出料后通过传送带至空地处进行降温处理。降温时间可依据实际时间进行调节，温度下降至40度以下可进行包装处理。

筛分：

程序四：物料腐熟后，通过筛分机进行筛分，把较大的物料以及没有发酵完熟的物料进行筛分出来重新进入二次发酵设备进行发酵，所得到颗粒大小均匀的物料可通过加入传送带进入搅拌机，并加入农运来生物功能菌进行生产生物有机肥。

程序五：包装，通过采用全自动计量筛分包装销售，可以减少人工成本。