在质子X 射线荧光分析中所测得的X 射线谱是由连续本底谱和特征X 射线谱合成的叠加谱。样品中一般含有多种元素，各元素都发射一组特征X 射线谱，能量相同或相近的谱峰叠加在一起，直观辨认谱峰相当困难，需要通过复杂的数学处理来分解X 射线谱。解谱包括本底的扣除、谱的平滑处理、找峰和定峰位、求峰的半高宽和峰面积。谱的数学解法已研究出多种，并已编制成计算机程序。从解X 射线谱中可得到某一待测元素的特征谱峰的面积(峰计数)，根据峰面积可计算出该元素的含量。这种直接计算的办法需要对探测系统标定探测效率、确定探头对靶子所张立体角、测定射到靶子上的质子数等。
在实际分析工作中多采用相对测定法，即将试样和标样同时分析比较，
设试样和标样中待测元素的特征X 射线谱峰计数为NX 和NS，含量为Wx 和WS则得:
Wx=NxWs/Ns
