大楼占地面积为5722平方米，建筑面积为32680平方米。由8层楼和5层辅楼组成，主楼高度约120英尺(合36.2米)，钟楼高度约140英尺(合43米)，大楼总高度约260英尺(合79.2米)，是20世纪20年代上海外滩最高的建筑物。外墙用金山石砌就，顶部的钟楼为整幢建筑的的纵轴线，两边门窗及雕刻图案对称、和谐。东立面大门由4根粗壮的多立克柱子支撑，显得庄重有力。

正门入口有4根希腊多立克式柱，形成门廊

入口大厅藻井以彩色马赛克相拼的帆影海事图案为饰，甚为精美。建筑上部具有装饰艺术拍建筑特色。钟楼旗杆位置北纬31度14'20.38"，东经121度29'0.02"，为上海地理位置的标志点，同时也外滩建筑中上最气派最大者。

上海海关大楼最著名的是它高耸的钟楼和大钟。海关大楼安装大钟起步于19世纪下半叶，1893年竣工的教堂式江海北关大楼上安装了一座海关大钟。钟楼依次分为钟坠、钟面、主机、鸣钟几部分，是一组调音谐和的鸣钟装置。这座大钟是亚洲第一大钟，也是世界著名大钟之一。