采用轴带发电机系统也会带来一些不利因素：
1．在停泊或港口装卸货工况时，因主机不工作，故轴发不能供电，船舶仍需装置一定功率的柴油辅机。
2．对于采用交流电制的大多数商船，大多采用主机转速可调的中、低速柴油机，为了保证电网系统频率的恒定，使控制系统变得复杂，相应地使管理人员的技术水准要求提高。
3．初次投资大，虽然这一部分投资会从年运行费的节余中得到补尝，但补尝年限随轴发的功率和船舶航行工况所占比例而有所变化。一般来说，在五年之内，年营运费的节余已可抵消初投资的增加部分，有的经常航行并采用较大功率轴发系统的船舶，在短期内即可收回成本。因此，采用轴发系统仍有发展前途。
