针对某些性质特殊的化合物的分离与检出，有时需采用一些特殊薄层。

① 荧光薄层:有些化合物本身无色，在紫外灯下也不显荧光，又无适当的显色剂时，则可在吸附剂中加入荧光物质制成荧光薄层进行层析。展层后置于紫外光下照射，薄层板本身显荧光，而样品斑点处不显荧光，即可检出样品的层析位置。常用的荧光物质多为无机物。其一是在 254nm紫外光激发下显出荧光的，如锰激洁的硅酸锌。另一种为在365nm紫外光激发下发出荧光的，如银激化的硫化锌硫化镐。

② 络合薄层:常用的有硝酸银薄层，用来分离碳原子数相等而其中C一C双键数目不等的一系列化合物，如不饱和醇、酸等。其主要机理是由于C一C键能与硝酸银形成络合物，而饱和的C一C键则不与硝酸银络合。因此在硝酸银薄层上，化台物可由于饱和程度不同而获得分离。层析时饱和化合物由于吸附最弱而Rf最高，含一个双键的较含两个双键的Rf值高，含一个三键的较含一个双键的Rf值高。此外，在一个双键化台物中，顺式的与硝酸银络合较反式的易于进行。因此，还可用来分离顺反异构体。

③ 酸碱薄层和PH缓冲薄层:为了改变吸附剂原来的酸碱性，可在铺制薄层时采用稀酸或稀碱以代替水调制薄层。例如硅胶带微酸性，有时对碱性物质如生物碱的分离不好，如不能展层或拖尾，则可在铺薄层时，用稀碱溶液0.1~0.5NNa0H溶液制成碱性硅胶薄层。例如猪屎豆碱在以硅胶为吸附剂时，以氯仿-丙酮一甲醇(8:2:1)为展开剂Rf<0.1，采用碱性硅胶薄层用上述相同展开剂，Rf值增至0.4左右。说明猪屎豆碱为--碱性生物碱。