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在形态上，霞客鳞毛蕨与德化鳞毛蕨(Dryopteris dehuaensis Ching)很相似，其共同特征为:孢子囊群无盖，基部小羽轴长超过1cm，基部羽片下侧燕尾状伸长;但霞客鳞毛蕨的叶轴和羽轴密被鳞片，叶柄基部鳞片红褐色，小羽片深裂，裂片小脉数量多对且裂片边缘具明显锯齿。而基于叶绿体片段trnL-F的系统发育证据表明，霞客鳞毛蕨与德化鳞毛蕨亲缘关系最近。
另外，霞客鳞毛蕨和日本特有种DryopterishadanoiKurata也很相似，区别在于后者具囊群盖，且小羽片锯齿不明显。
