还有一种需要纯化抗体的试验，是从多克隆抗血清中分离抗原特异性抗体。多克隆血清中含有复杂多样的抗体，它不仅含有针对免疫原产生的抗体，还有血清的全部抗体。出于特定目的的需要，必须将抗原的特异性抗体分离出来。例如使用抗肽抗体时，需要分离出特异性识别肽段的抗体。通过纯化能获得特异性很高的抗体。纯化抗体的另一用途是降低本底。几乎在所有技术中，使用纯化抗体都能降低非特异性本底。产生这种效果主要是因为一方面能去除引起实验误差的污染蛋白，另一方面能精确控制实验中产生阳性信号的抗体量。使用纯化抗体不会使本底增加，因此纯化抗体可以作为所有免疫化学实验中降低本底的基本手段。

抗体的纯化通常是浓缩抗体的最简单方法。任何来源的抗体可以用蛋白A或蛋白G的纯化方法来浓缩。

尽管纯化抗体的方法较多，建议用蛋白A或蛋白G微球纯化法作为最常用的方法。这种方法效率高，能为常用的实验方法提供足够纯化的抗体，而且随着商品化的蛋白A和蛋白G基质的出现，能将任何来源的抗体纯化。抗体的纯化也可采用传统的色谱法，在某些情况下非常有用。这些方法包括DEAE离子交换色谱法、硫酸铵沉淀法及其他方法。但是用蛋白G或蛋白A亲和柱法纯化较其他方法简单，并且纯化效果是其他方法的数倍。