余杭站建筑面积13000多平米，采用"下进下出"的流线模式组织客流，结构形式类似地铁站或轻轨站，候车厅位于高铁线路正下方。 车站主体结构身材修长，总长度约174米，外立面主打横线条，透着一股现代气息。车站主体为地上二层高架车站，这也是整条沪杭高铁上唯一一座建在高架上的车站。旅客先在一楼进车站，过安检，到候车室。等差不多要出发了，坐电梯到二楼乘车。候车大厅两边各有两部电梯，能够保证旅客快速上二楼。值得提醒的是，旅客买完票去二楼站台时，需要区别两个不同方向的检票通道:1号检票口是通往上海方向，2号检票口通往杭州方向。车站设计充分运用良渚文化元素，打造一座"玉琮城"，形成"高铁+地铁+物业"综合体，集商业、办公、居住、旅游等多种功能于一体。余杭站南侧广场将包括地下汽车库、地上广场以及高铁站南北两侧地下通道，广场面积约4.81万平方米，地下室面积约4.84万平方米。