显微镜摄像头，也叫显微镜相机，是专门用于和显微镜结合来获取显微镜成像图像的光学仪器。按照所使用的图像传感器来分显微镜摄像头可分为CCD摄像头和CMOS摄像头(数字摄像头和模拟摄像头)2种。

显微镜摄像头是一种专门针对微观世界领域的成像仪器，和数码相机等使用的摄像头有很大的区别。同时显微镜摄像头也可以通过和PC链接，或结合专业的图像处理软件将显微镜观察到的样本微观图像输送出来，这非常有利于研究人员的对样本的研究。

普通的显微镜都只能通过眼睛进行观察，而当我们在镜下找到一个目标位置后再去找另外一个目标时，第一个目标的往往会因为移动样品之后很难再重新找到，这样就导致很多数据的丢失。有了显微镜摄像头就能把每次观察的样品图像记录下来用来做数据对比，这对于研究人员有非常大的帮助。

显微镜摄像头即克服了显微镜头与相机结合时的对焦技术问题，可以替换式的镜头设计概念，结合数码相机成熟的摄录影像功能，成为一机双用的数码显微镜。

显微镜摄像头具备高倍率显微功能、及优异的光学系统设计的显微镜模块，搭配指定选用的数码相机机种，便可实时输出影像至屏幕，以了解对象状况，作为实时判断或记录;使原本价格昂贵，并需受限于实验室等空间使用的复杂仪器系统，成为简单易于操作的手持装置(数码显微镜相机)。显微镜摄像头不仅突破传统在显微镜空间及操作上的限制，也扩展了相机的使用范围;让生活的惊奇与精彩画面，从数码相机轻松地延伸到数码显微镜相机镜头下的微物世界。