中央控制器是自动电脑套色装置的中枢部分，起着大脑的作用。它根据采样送入的脉冲信号加以分析判断套色偏差有无，偏差量的大小及方向，为使套色偏差保持在零的位置上，准确、及时地进行控制。它由计算机主机、I/O端口、光隔离板和专用电源等部件组成。在计算机主板上设置了输入电路、运算电路、输出电路等。

输入电路的作用是自动地将采样脉冲整形成统一规则的输入脉冲。因为套色标志的颜色各不相同。光电管产生的脉冲变化也就不同，脉冲的形状随之发生变化。如果第1色与第2色的脉冲形状不同，就很难对它们进行比较分析。

然后，被整形的脉冲，如果相对于主脉冲延迟了时间(T)才发生，这时主电路就产生一个T宽度的矩形脉冲，并把它作为延迟套色偏差信号送入运算电路，反之，如果该脉冲相对于主脉冲超前(T1)发生，同样产生一个T1宽度的矩形脉冲作为超前套色偏差信号送入运算电路。

运算电路采用了先进的微处理器，是中央控制器的心脏部分，它根据已设定的版辊周长，编码器发生的基准脉冲以及各版辊间的距离等数据，与由输入电路送来的套色偏差数据，一起进行运算，得出正确的运算结果。此时，一方面将运算结果输出到显示屏进行指示;另一方面边存储此数值，边监视其与下圈偏差的变化，根据其变化率立刻运算出能适应准确套色的修正量，用这个修正量由输出电路来指示纠编装置进行偏差修正工作。