现时巧家五针松分布于云南省昭通市巧家县白鹤滩镇杨家湾村附近的一条海拔2000至2350米南北走向山脊东西两坡面上部的山坳中，分布面积不足0.5平方公里，野生个体35株，树龄介乎10至50年。然而通过10多年来的人工繁育，巧家五针松的数量逐渐上升，截至2011年10月，巧家五针松以人工繁殖数量已达5000余株。
由于数量少，分布范围狭窄，因此被中国列为国家一级重点保护野生植物，另外IUCN红色名录中亦列为极危物种。由世界自然保护联盟(IUCN)主办并于2012年9月6日至15日在韩国济州召开的世界自然保护大会上，公布了全球100种最濒危物种名单，当中包括巧家五针松。
