工程合同风险产生的主要原因在于合同的不完全性特征，即合同是不完全的。不完全合同是来自于经济学的概念，是指由于个人的有限理性，外在环境的复杂性和不确定性，信息的不对称、交易成本以及机会主义行为的存在，合同当事人无法证实或观察一切，这就造成合同条款的不完全。与一般合同一样，工程合同也是不完全的，并且因为建筑产品的特殊性，致使工程合同不完全性的表现比一般合同更加复杂。
（l）合同的不确定性。由于人的有限理性，对外在环境的不确定性是无法完全预期的，不可能把所有可能发生的未来事件都写入合同条款中，更不可能制定好处理未来事件的所有具体条款。
（2）在复杂的、无法预测的世界中，一个工程的实施会存在各种各样的风险事件，人们很难预测未来事件，无法根据未来情况作出计划，往往是计划不如变化，诸如不利的自然条件、工程变更、政策法规的变化、物价的变化等等。
（3）合同的语句表达不清晰、不细致、不严密、矛盾等而可能造成合同的不完全，容易导致双方理解上的分歧而发生纠纷，甚至发生争端。
（4）由于合同双方的疏忽未就有关的事宜订立合同，而使合同不完全。
（5）交易成本的存在。因为合同双方为订立某一条款以解决某特定事宜的成本超出了其收益而造成合同的不完全。由于存在着交易成本，人们签订的合同在某些方面肯定是不完全的。缔约各方愿意遗漏许多意外事件，认为等一等、看一看，要比把许多不大可能发生的事件考虑进去要好得多。
（6）信息的不对称。信息不对称是合同不完全的根源，多数问题都可以从信息的不对称中寻找到答案。建筑市场上的信息不对称主要表现为以下几个方面。
1）业主并不真正了解承包商实际的技术和管理能力以及财务状况。一方面，尽管他可以事先进行调查，但调查结果只能表明承包商过去在其他工程上的表现。由于人员的流动，承包商的实际能力随时发生变动。另一方面，由于工程彼此之间相差悬殊，能够承担这一工程并不能说明也能承担其他工程。所以，业主对承包商并不真正了解。而承包商对自己目前的实际能力显然要比业主清楚得多。同时业主也并不知道他们想要得到的建筑物到底应当使用哪些材料，不知道运到现场的材料是否符合要求，而承包商却比业主清楚得多。
2）承包商也并不真正了解业主是否有足够的资金保证，不知道业主能否及时支付工程款，但是业主要比承包商清楚得多。
3）总承包商对于分包商是否真有能力完成，并不十分有把握，承包商对建筑生产要素掌握的信息远不如这些要素的提供者清楚。
（7）机会主义行为的存在。机会主义行为被定义为这样一种行为，即用虚假的或空洞的，也就是非真实的威胁或承诺来谋取个人利益的行为。经济学通常假定各种经济行为主体是具有利己心的，所追求的是自身利益的最大化，且最大化行为具有普遍性。经济学上的机会主义行为主要强调的是用掩盖信息和提供虚假信息损人利己。
任何交易都有可能发生机会主义行为，机会主义行为可分为事前的和事后的两种。前者不愿意坦露与自己真实条件有关的信息，甚至会制造扭曲的、虚假的或模糊的信息。事后的机会主义行为也称为道德风险。事前的机会主义行为可以通过减少信息不对称部分地消除，但不能完全消除，而避免事后的机会主义行为方法之一就是在订立合同时进行有效的防范和履约过程中进行监督管理。
