质子泵有四类：P-type、V-type 、F-type和ABC superfamily。

P型质子泵

分布：真核生物的细胞膜

特点：转运H 过程涉及磷酸化和去磷酸化

载体蛋白利用ATP使自身磷酸化（phosphorylation），发生构象的改变来转移质子或其它离子，如植物细胞膜上的H 泵，动物细胞的Na -K 泵，Ca² 离子泵，H -K ATP酶（位于胃表皮细胞，分泌胃酸）。

V型质子泵

分布：位于小泡的膜上（动物细胞溶酶体膜，动物细胞的内吞体，高尔基体的囊泡膜，植物液泡膜）。

特点：水解ATP产生能量，但不发生自磷酸化。

共同的功能：保持细胞质基质内中性pH和细胞器内的酸性pH

F型质子泵

分布：线粒体膜和植物内膜

是由许多亚基构成的管状结构，H 沿浓度梯度运动，所释放的能量与ATP合成耦联起来，所以也叫ATP合酶（ATP synthase），F是氧化磷酸化或光合磷酸化偶联因子（factor）的缩写。F型质子泵位于细菌质膜，线粒体内膜和叶绿体的类囊体膜上，其详细结构将在线粒体与叶绿体一章讲解。F型质子泵不仅可以利用质子动力势将ADP转化成ATP，也可以利用水解ATP释放的能量转移质子。

ABC超家族

分布：原核和真核生物的细胞质膜

该超家族含有几百种不同的转运蛋白，是最大的一类转运蛋白。每种ABC转运蛋白对于底物或底物的基团有特异性 。