联合国环境规划署2003年首次发表了针对世界沿海地区海草床分布的调查报告。该报告显示，在过去的10年中，已经有约2.6万平方公里的海草生态区消失，减少了14.7%，海草床的生态环境遭受着严重的威胁。海南海草床的生态环境同样遭受着不同程度的破坏，主要原因如下:

人为污染是海南海草床衰落的最重要因素，包括陆地和海上排放的污染，主要为工业与生活污水、交通和投饵养殖等，由此引起的海水富营养化和带来的悬浮物大大降低了海草床的光射入，降低了海草的光合作用能力，严重阻碍了海草的生长甚至导致整个海草种群的衰落。

围海养虾、海水养殖，如打桩吊养贝类、海藻、围网养殖等;炸鱼、毒鱼和电鱼;挖泥捕捞与拖网捕捞;各种机动船的螺旋桨;开挖港池航道等人类活动，引发的对海草叶片、根茎和根系的不同程度破坏，对海南海草床的生态环境产生明显的威胁。

有关资料显示，琼海市龙湾海域的整片海草床呈现老化和退化的趋势。临高县马袅湾海域一带的海草床基本绝迹。东方市北黎湾海域，在20年前曾捕获过以海草为食物、被称为美人鱼的国家一级保护动物--儒艮，现在只能找到零星的海草根，整个海草床已基本被破坏。

美国新罕布什尔州立大学的科学家们通过研究发现全球的海草床--鱼类重要的栖息地、食物来源以及沉积物的稳定器--目前正在逐渐地消失。

研究教授弗雷德里克·肖特表示:随着浅水海草生态系统的消失，具有商业价值的鱼类、水鸟和其他的海洋生物都将消失，甚至也不存在水质和腐蚀防护问题。肖特是全球海草监测网的创始人，他同该研究小组共同合作监测了17个国家45个场地的海草情况。"几乎每个我们所监测的场地的海草都正在衰退之中，"他说。虽然研究人员还没有得出全球性的结论，但是他们确信:造成这种海草床衰退现象的原因在全球都是一致的，那就是人类活动的影响。例如，马来群岛一个国家公园的卫星图片显示:海草床的消失不是因为类似气候变化这样的全球力量，而是由于人类在岸边的伐木引起了海洋沉积物增加造成的。

至今为止，研究人员虽然尚未将全球气候变化从造成海草床衰退的原因中排除，但是，他们发现造成海草衰退的原因更加局部化。