扁竹兰是多年生草本植物。根状茎横走，直径4-7毫米，黄褐色，节明显，节间较长；须根多分枝，黄褐色或浅黄色。地上茎直立，高80-120厘米，扁圆柱形，节明显，节上常残留有老叶的叶鞘。叶10余枚，密集于茎顶，基部鞘状，互相嵌迭，排列成扇状，叶片宽剑形，长28-80厘米，宽3-6厘米，黄绿色，两面略带白粉，顶端渐尖，无明显的纵脉。

花茎长20-30厘米，总状分枝，每个分枝处着生4-6枚膜质的苞片；苞片卵形，长约1.5厘米，钝头，其中包含有3-5朵花；花浅蓝色或白色，直径5-5.5厘米；花梗与苞片等长或略长；花被管长约1.5厘米，外花被裂片椭圆形，长约3厘米，宽约2厘米，顶端微凹，边缘波状皱褶，有疏牙齿，爪部楔形，内花被裂片倒宽披针形，长约2.5厘米，宽约1厘米，顶端微凹；雄蕊长约1.5厘米，花药黄白色；花柱分枝淡蓝色，长约2厘米，宽约8毫米，顶端裂片呈繸状，子房绿色，柱状纺锤形，长约6毫米。蒴果椭圆形，长2.5-3.5厘米，直径1-1.4厘米，表面有网状的脉纹及6条明显的肋；种子黑褐色，长3-4毫米，宽约2.5毫米，无附属物。花期4月，果期5-7月。