在竣工初期，已制定了水文水利总则、水库运行调度、梯级抽水站联合调度，抽水站操作运行、水电站运行操作、变电站运行操作等一系列运行规程以及机电设备修理规程等。在长期的供水实践中，工程管理局根据工程沿线生态环境及经济发展的情况变化，不断总结完善，先后又制定了安全规程，“三防”工作手册，深圳水库、雁田水库防汛预案，水工工程承包管理责任制，工程沿线水质保护管理责任制，内部审计工程实施细则等一系列规章制度，把工程管理的各项工作都纳入了量化考核的轨道，使管理工作上了一个新台阶。

工程扩建为适应香港和深圳经济特区发展的需要，东深供水工程依靠利技，对工程进行不断的改造和扩建，使供水规模不断扩大，水质逐步改善。20世纪70年代，工程建成不久，香港就提出了增加供水的要求。供水局依靠科学技术对抽水机组进行改造，把雁田水库以北7座抽水站的36台36ZIB-70型轴流泵，在不改变水泵外壳尺寸及土建结构的情况下，更换叶轮，提高比转速，改为36ZIB-100型水泵，大大提高了抽水量，满足了香港的需要。此后，分别于80年代、90年代又进行了二期和三期扩建，确保供水量的不断增加。1995年以后，又建成了太园泵站和深圳水库生物净化工程，既保证了供水总量增加的需要，还改善了供水水质。

广东粤港供水有限公司（以下简称粤港供水）作为水利工程管理单位，于2015年通过水利部水利安全生产标准化一级单位达标评审，并于2018年通过证书延期复审。粤港供水制定了《广东粤港供水有限公司泵站设备操作精细化指引》等工作指引，不断精细化现场设备管理及操作，消除事故隐患；开展“安全微视频”、“一封安全家书”等活动，制作了《幸福人生路》等优秀安全文化视频，深入探讨员工的工作与生活中的安全联系，激发员工“我要安全”的意识，形成良好的安全氛围。多年来，安全生产标准化的建设与完善，让粤港供水逐渐形成独特的安全文化与“人人为我，我为人人”的安全生产管理局面，公司于2018年获评广东省安全文化建设示范企业，并高分通过国家级水管单位复核验收。