东深供水工程自建成以来不断扩大对香港供水，从香港补充水源的位置转变为香港的主要水源，1999年对香港的输水量已达7.7亿立方米，占全港总用水量的80%以上，为香港经济发展和人民生活用水提供了重要保障。同时深圳经济特区近400万人口的生活用水和工商企业用水的70%以上也由该工程提供。据统计，35年累计总供水量达174.5亿立方米，其中对香港供水116亿立方米，对深圳供水32.5亿立方米，对工程沿线乡镇供水26亿立方米。此外，工程还担负着沿线3万公顷农田的灌溉，1000公顷农田的防洪和400公顷低洼土地的排涝任务。工程的坝后水电站总装机容量9600千瓦，年发电量为3500万千瓦时。

如今，东深供水工程担负着向香港、深圳和东莞工程沿线三地2400多万居民提供生活、生产用水的重任。香港用水的70%-80%、深圳用水的50%以上、东莞沿线八镇用水的80%左右，都来自东深供水工程。