树皮的内皮黄色，味甚苦，主含小檗碱(Berberine)、黄檗碱(Phellodendrine)等。有强力的消炎、杀菌作用，为止泻和解毒的良药。 中国产物种的树皮(内皮)均可入药，在古代，除作药用外，尚用作黄色染料，其所含生物碱中，尤以小檗碱(即黄连素)，有消炎、杀菌、止泻、解毒和健胃的功效，自古是我国常用的消炎、解毒重要药物之一。黄柏兼有降低血压、扩张冠状动脉及有降血糖作用。
中药称的黄柏，可分为关黄柏(或称东黄柏)和川黄柏两种。关黄柏就是指主产我国东北及华北的黄柏(P. amurense Rupr.)产量最大。川黄柏，又称黄皮树(P. chinense Schneid.)主产四川、湖北等省，质量最好。两者在用法及药效上大致相同。
