吉莲高速公路建设者将修路，分解成程序复杂的细活，共制订出60项标准工法、工艺，每个环节都执行严格的标准施工规范和要求。公路A5标有个梁场，制梁严格按照项目办制定的工法、工艺，采用了波纹管定位胎架法、翼缘板胎架法、腹板胎架法3个胎架法;工艺上，引进了自动喷淋养生工艺、高频变频振捣砼工艺、智能张拉3项工艺，梁板生产由"小作坊加工"变为"工厂化生产"。另外A2标项目部全线11座大中小型桥梁，采用自密实砼施工 。
项目对隧道洞口、初支等施工质量采取了专项控制措施，实现了"
零开挖"进洞。按照项目办编写的《隧道工程标准化施工手册》，隧道洞口全部采用"零仰坡进洞"法施工，开挖时需五方到场共同认定进洞具体位置，既保持了隧道拱顶的稳定，又保护了周边生态;隧道初支的钢拱架间距、喷射混凝土厚度等施工中，委托第三方采用雷达扫描进行地质检测;隧道二衬止水条采用中埋式安装，二衬台车脚全部改为落地式，使止水条和混凝土外观平整圆顺。
项目还与科研机构、大专院校合作，积极开展新技术研究。为提高混凝土的耐久性、抗裂性，在部分桥梁开展了《自密式混凝土施工及应用》课题研究;针对质量通病，开展了《装配式空心板梁铰缝施工技术及质量控制方法》、《同步加纤碎石封层技术在高速公路中的应用技术研究》等科研课题研究 。如在永莲隧道的开凿中，项目办与山东大学联合成立技术攻关组，并邀请了4名教授、近20个博士生常驻工地开展科技攻关，取得了"突水突泥灾害发生机理研究"、"注浆扩散理论及涌水封堵机理研究"、"突水突泥灾害治理关键技术研究"等3项国际领先技术，研发了"前进式分段精细化控制注浆工艺"等3种新工艺，研制了GT-1新型注浆材料等两种新材料，申报了16项国家发明专利 。
1、路线地貌变化较大，地形起伏大，部分路段地形特别复杂。
2、沿线出露地层较多，断裂构造发育，地质构造复杂。路线带内发育多处不良地质现象，中西部部分路段处于岩溶地段和夹煤等软弱夹层，区域工程地质条件复杂，存在岩溶地面塌陷、煤炭采空区塌陷、边坡失稳、滑坡、地下暗河、崩塌等各种不良地质情况;
3、部分路段(主要集中在K30~K50)高架桥、高边坡和隧道多，桥隧比达40%以上。
4、路线受赣江支流禾水河影响较大，路线5次跨越禾水河，影响因素多，薄壁高墩，桥梁跨径大，桥位段地势险陡、施工设备材料进场难，施工难度大。
5、沿线部分路段经过村庄、工业园、国家级重点风景名胜区等环境敏感区较多，自然环境优美，生态环境极为脆弱，地方关系复杂，水土保持和环境保护任务非常艰巨;
6、隧道施工工期短，任务重，长隧道的施工必须创造四个洞口先后进洞依次施工，加之本项目长隧道与中隧道间距小，要如何解决施工排水、弃渣、通风、隧道间围岩稳定、施工作业面展开、便道的铺设，施工安全与质量等难题 。
