H.梅尔希奥将本科列入中央种子目(Centrospermae)的马齿苋亚目(Portulacineae)，认为与落葵科(Basel-laceae)接近。А.Л.塔赫塔江及 А.克朗奎斯特均将其列入石竹目 (Caryophyllales)，彼此内含虽略有出入,但仍认为本科与番杏科(Aizoaceae)、落葵科等较为接近。就马齿苋科自身论，它的分裂成多数雄蕊的属，较之具少数雄蕊的属为进步。就其与番杏科的亲缘而论，后者不具真正的花瓣而代以花冠状的雄蕊，它的特化程度较高，但各自向不同方向发展，彼此间似无统属关系。
