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荧光光谱仪被广泛应用于化学、环境和生物化学领域。
是研究小分子与核酸相互作用的主要手段。通过药物与核酸相互作用，使DNA与探针键合的程度减小，反映在探针荧光光谱的改变，从而可以了解药物和核酸的作用机理。
荧光光谱仪是研究药物与蛋白质相互作用的常用仪器。药物与蛋白质相互作用后可能引起药物自身荧光光谱和蛋白质自身荧光(内源荧光)光谱以及同步荧光光谱的变化，如荧光强度和偏振度的改变、新荧光峰的出现等，这些均可以提供药物与蛋白质结合的信息。
