可用包装机或手工包装。对于大苗如落叶阔叶树种，大部分起裸根苗。包装时先将湿润物放在包装材料上，然后将苗木根对根放在上面，并在根间加些湿润物如(苔藓，湿稻草，湿麦秸等);或者将苗木的根部蘸满泥浆。这样放苗到适宜的重量，将苗木卷成捆，用绳子捆住。小裸苗也用同样的办法即可。而针叶和大部分常绿阔叶树种因有大量枝叶，蒸腾量较大，而且起苗时损伤了较多的根系，起苗后和定植初期，苗木容易失去体内的水分平衡，以致死亡。因此这类树木的大苗起苗时要求带上土球，为了防止土球碎散，以减少根系水份损失，所以挖出土球后要立即用塑料膜、蒲包、草包和草绳等进行包装;或用木箱，对特殊需要的珍贵树种的包装有时用木箱。包装时一定要注意在外面附上标签，在标签上注明树种的苗龄，苗木数量，等级，苗圃名称等。
